Ruch protestancki na Śląsku po pierwszym wystąpieniu kaznodziei Melchiora Hoffmanna w Nowym Kościele w 1518 r. przybrał na sile. W 1520 r. następne kazania luterańskie miały miejsce w okolicach Lwówka Śląskiego, Legnicy, Lubomierza i Szklarskiej Poręby. Były to miejsca, gdzie od XV w. utrzymywały się skupiska sympatyków husycyzmu i braci czeskich. Pierwszych kaznodziei luterańskich, na tym terenie, nazywano często "husytami".
- Ruch reformatorski był popularny nie tylko wśród osób świeckich, ale znalazł też zwolenników wśród księży katolickich. Nie oparli się mu również cystersi. Jeden z nich, z prepozytury w Cieplicach, przeszedł na luteranizm w 1528 r., ożenił się i wyjechał do Jeleniej Góry. Za wsparciem Hansa II Schaffgotscha, ewangelicy w 1546 r. właściwie przejęli kościół św. Jana Chrzciciela i większość prepozytury w Cieplicach. W 1547 r. miał tu miejsce wielki pożar. Jeszcze w tym samym roku odbudowano kościół i murowany budynek mieszkalny, tzw. "Gangeshaus" (na jego miejscu stoi dzisiaj Długi Dom). Nabożeństwa w kościele św. Jana Chrzciciela odprawiane były zarówno przez cystersów dla coraz mniej licznych katolików, jak i przez kaznodziei ewangelickich dla coraz liczniejszych ewangelików – opowiada Stanisław Firszt, dyrektor Muzeum Przyrodniczego w Jeleniej Górze.
Tymczasem w 1563 r., zakończył obrady Sobór Trydencki (trwał w latach 1545 – 1563), który wzmocnił nadszarpnięty autorytet Kościoła i papieża. Dokładnie sprecyzował dogmaty i liturgię katolicką oraz odciął się od wszelkich teorii protestanckich. Zniósł najbardziej rażące nadużycia w kościele. Zgodnie z uchwałami soboru, Kościół podjął walkę o przywrócenie mu poprzedniej pozycji. W tej walce wspomagali go Habsburgowie i zakon jezuitów (założony w 1534 r.), którego zadaniem było, m.in. odzyskanie strat poniesionych na rzecz heretyków.
- Zanim uchwały soborowe zostały wprowadzone w życie, na Śląsku ruch protestancki coraz bardziej się rozszerzał. W 1564 r. wszyscy książęta śląscy (w tym piastowscy) byli już ewangelikami. Schaffgotschowie w Cieplicach starali się umniejszyć znaczenie dawnej prepozytury cystersów, wnosząc wiele pretensji i roszczeń co do wcześniejszych nadań ich katolickich przodków na rzecz opactwa w Krzeszowie. Tym bardziej należy docenić fakt, że to właśnie krzeszowski opat w 1570 r. na miejsce dawnej drewnianej budowli przykrywającej basen klasztorny, wzniósł budynek murowany. Jednak samo Opactwo Krzeszowskie w tym czasie przeżywało wielkie kłopoty finansowe. Dlatego opat Krzysztof Scholtz oddał w 1571 r. w zastaw na 12 lat, jak można dowiedzieć się z dokumentu, "zaniedbaną prepozyturę" w Cieplicach Hansowi Schaffgotschowi za sumę 10 tys. talarów – mówi dyrektor.
W latach 70’ XVI w. rozpoczęła się też budowa skrzydła zachodniego, obecnego klasztoru w Cieplicach. Problemy opactwa potęgowane nieprzychylnością ewangelickiego otoczenia na Śląsku, były tak wielkie, że przyczyniły się w 1576 r. m.in. do samobójstwa opata Mikołaja II Ruperti. Dopiero w 1580 r. biskup wrocławski Marcin Gertsmann ogłosił w diecezji wrocławskiej postanowienia soboru trydenckiego, które m.in. zobowiązywały katolików do walki z reformacją.
- W 1582 r. miał miejsce następny pożar klasztoru. Jest zastanawiające, że pożary wybuchały zawsze po jakichś ważnych i zwrotnych wydarzeniach, np. po przejęciu prepozytury przez ewangelików czy ogłoszeniu postanowień Soboru Trydenckiego, itp. Powtarzało się to i później. Nie jest więc wykluczone, że pożary nie musiały być (tylko) dziełem przypadku, np. zaprószenia ognia, ale mogły być wywołane celowymi podpaleniami. W 1585 r. Krzysztof Schaffgotsch przedłużył zastaw prepozytury cystersów cieplickich na następne 12 lat. I znowu, rok później, wielki ogień pojawił się w klasztorze. Kolejny raz, w latach 1587 – 1590, kościół i wspomniany wcześniej Gangeshaus zostały odbudowane. Od 1587 r. kościół św. Jana Chrzciciela został wydzierżawiony luteranom, a tymczasem cystersi konsekwentnie dobudowywali (w latach 1587 – 1616) kolejne skrzydła obecnego klasztoru – mówi Stanisław Firszt.
W 1598 r. opatowi Kasparowi II Ebertowi udało się odkupić od Schaffgotschów większość zastawionego majątku probostwa. Ponownie rok później wybuchł pożar w klasztorze. Opat Ebert odbudował basen probostwa. Probostwo nadal przeżywało kłopoty, było zadłużone i nie mogło się podnieść. W 1608 r. zostało ono oddane w dzierżawę na cztery lata Martenowi Süssenbachowi, wójtowi z Wojcieszyc. W 1616 r. opat Marcin Clavarei został przymuszony (nie tylko z uwagi na problemy finansowe) do podpisania niekorzystnej umowy z Hansem Ulrykiem Schaffgotschem. W zamian za wcześniejsze zobowiązania, cystersi zostali zmuszeni do zrzeczenia się praw do wielu swoich majątków. Już rok później Hans Ulryk Schaffgotsch mógł sam zastawić probostwo sołtysom i sędziom z Wojcieszyc, a do funkcji proboszcza w kościele św. Jana Chrzciciela podniósł ewangelickiego pastora Georga Sennerta.
- W 1618 r. wybuchła wojna trzydziestoletnia. Napięcie między katolikami i ewangelikami wzrastało. W 1620 r. został zamordowany w Chełmsku Śląskim opat Marcin Clavarei, który domagał się od ewangelickich mieszczan należnych mu powinności. Ewangelicy w Cieplicach, wspierani przez Hansa Ulryka Schaffgotscha, zbudowali tu w 1624 r. pierwszy drewniany jeszcze kościół (stał w miejscu obecnego murowanego). Protektor ewangelików Hans Ulryk Schaffgotsch (ewangelik) w 1620 r. ożenił się z księżniczką piastowską Barbara Agnieszką (ewangeliczką). Jego pozycja znacznie wzrosła. W czasie trwającej wojny, jako podwładny katolickiego cesarza Habsburga, złożył mu hołd wierności. Dowodził wojskami katolickimi przeciw ewangelikom, m.in. swoim szwagrom - książętom Jerzemu Rudolfowi z Legnicy i Christianowi z Brzegu – przypomina dyrektor.
W 1634 roku, Schaffgotsch złożył podpis pod deklaracją wierności dowódcy wojsk cesarskich księciu Albrechtowi Wallensteinowi (dokument, a właściwie dokumenty zwane "deklaracją i rewersem pilzneńskim"). Jak się później okazało, Wallenstein był zdrajcą, a wspomniane dokumenty stały się przysłowiowym "gwoździem do trumny" Hansa Ulryka Schaffgotscha, którego w 1635 r., w Ratyzbonie (Regensburg), z rozkazu cesarskiego ścięto za zdradę.
- Majątki Schaffgotscha zostały skonfiskowane, a ewangelicy (także w Cieplicach) stracili swojego protektora. Cysterski proboszcz prepozytury w Cieplicach Andreas Michaelis (późniejszy opat w Krzeszowie) w 1635 r., w imieniu cesarza, zarządzał całym majątkiem Schaffgotschów. Zła passa dla cystersów w Krzeszowie i Cieplicach skończyła się. Rozpoczął się trudny okres odzyskiwania majątków, praw i przywilejów uzyskanych przez cystersów w XV w., od katolickich Schaffgotschów i utraconych w XVI i XVII w. na rzecz Schaffgotschów ewangelickich. W 1643 r., na rozkaz Urzędu Kameralnego we Wrocławiu ewangelicy musieli opuścić, zajmowany od prawie stu lat Gangeshaus i kościół św. Jana Chrzciciela. W 1648 r. skończyła się wojna trzydziestoletnia, a na Śląsku i w Cieplicach z wielką mocą uderzyła kontrreformacja – opowiada Stanisław Firszt.
