Liczba ewangelików stale rosła. Byli wśród nich także księża katoliccy, np. w 1528 roku proboszcz parafii katolickiej Johann Sauermann przeszedł na wiarę Lutra. Za nim zrobiło to wielu ludzi, a ich liczba stale rosła, aż do wybuchu wojny trzydziestoletniej w 1618 roku. Ewangelicy nie mieli własnej świątyni, swoje nabożeństwa odbywali na zmianę w kościele św. Erazma i Pankracego z księżmi katolickimi. Po zakończeniu krwawej religijnej wojny w 1648 roku, nastąpiły lata kontrreformacji.
W dniu 2 września 1650 roku, cesarz podpisał rozkaz, który ogłoszono 30 września tegoż roku, o usunięciu parafii ewangelickich. Magistrat Jeleniej Góry, 29 października 1650 roku, odebrał pastorowi Rohrichtowi klucze od kościoła i świątynia znowu była tylko katolicka. W tych trudnych dla protestantów latach (aż do 1709 roku), ewangelicy nie mieli gdzie odprawiać swoich nabożeństw. Najbliższe ich kościoły znajdowały się w Jaworze (kościół pokoju), Twardowicach, Proboszczowie, Wieży Dolnej i Giebułtowie. Ewangelicy z obszaru jeleniogórskiego musieli odbywać dalekie podróże chcąc uczestniczyć w niedzielnych nabożeństwach. Najczęściej jeździli do Twardowic i Proboszczowa. Były też ogromne trudności z chrztami, ślubami i pogrzebami.
Bardzo często luteranie zbierali się pod gołym niebem w "leśnych kościołach", gdzie przybywający specjalnie dla nich kaznodzieje wygłaszali swoje kazania. Msze w nielicznych kościołach, jak i te, polowe w terenie, ściągały tysiące wiernych. Światłem nadziei dla protestantów był wybuch wojny północnej, w 1700 roku pomiędzy koalicją rosyjsko – polsko – duńską przeciwko Szwecji. Król Szwecji Karol XII uchodził za obrońcę ewangelików.
Szwedzi odnosili duże sukcesy w Rzeczpospolitej, której królem był August II Mocny, a jednocześnie elektor saski, związany z Cesarstwem Habsburgów. W 1704 roku, pod naciskiem króla szwedzkiego, August II wycofał się do Saksonii, a w Polsce obrano jego protegowanego Stanisława Leszczyńskiego. W 1706 roku Karol XII wkroczył do Saksonii i tam też odnosił zycięstwa. W tym też roku, 24 września, podpisany został pokój w Altranstädt, koło Lipska. Na jego mocy August II zrzekł się korony w Rzeczpospolitej.
Te wspaniałe zwycięstwa króla Szwecji zachęciły ewangelików śląskich do zwrócenia się do niego o pomoc w uzyskaniu praw do swobodnego wyznawania swojej wiary. W dniu 1 września 1707 roku, w kwaterze szwedzkiego monarchy w Altranstädt, podpisana została ugoda między Szwecją a Austrią, na mocy której cesarz Józef I został zmuszony dać wolność religijną protestantom na Śląsku i zgodził się na budowę (z łaski cesarskiej) kilku nowych świątyń, ale już murowanych, nie drewnianych, jakie wzniesiono po podpisaniu pokoju westwalskiego po 1648 roku (kościoły pokoju).
Wykonaniem postanowień ugody z Altranstädt miała zająć się specjalna, cesarska Komisja wykonawcza, obradująca we Wrocławiu, w 1708 roku. Na jej przewodniczącego cesarz wyznaczył Johanna Antona Schaffgotscha, pana na Cieplicach, który 15 kwietnia 1708 roku, został wyniesiony do stanu dziedzicznych hrabiów cesarstwa wraz z przyznaniem mu praw śląskich książąt, ale bez tytułu książęcego. W składzie Komisji był też hrabia Sinzendorf. Oni to negocjowali wykonanie ugody z posłem króla szwedzkiego Hennigiem von Strahlenheimem, który uzyskał dla protestantów zwrot ponad 120 kościołów oraz zgodę na budowę tzw. "kościołów łaski", m.in. w Kamiennej Górze, Kożuchowie, Żaganiu, Miliczu i Jeleniej Górze.
Luteranie w Jeleniej Górze czekali na wyniki obrad, odbywających się we Wrocławiu. Przez cały 1708 rok zbierali się na modły na terenie bielarii, m.in. Wenzela po drugiej stronie Górnego Młyna nad Bobrem i modlili się, m.in. o łaskę cesarską. Z Wrocławia dochodziły początkowo sprzeczne wieści, aż 9 lutego 1709 roku, do Jeleniej Góry dotarła wiadomość, że jest zgoda na budowę świątyni. Zapanowała wielka radość, która w sumie kosztowała miasto 3.000 dukatów do kasy cesarskiej i 100.000 florenów pożyczki temuż monarsze. Wszystko to oficjalnie ogłosił rząd cesarski w Świdnicy (dla terenu księstwa świdnicko – jaworskiego podległego bezpośrednio cesarzowi). Zrobił to jego starosta, hrabia Johann Anton Schaffgotsch, 13 lutego 1709 roku (dokument odczytano mieszczanom 19 lutego). Nakazywano też wybór miejsca pod świątynię i wybór rady kościelnej.
Już od marca 1709 roku zaczęto gromadzić drewno na budę tymczasowej świątyni, na polu Brendela koło kościoła św. Ducha (dzisiaj park Zamenhoffa). Proponowano kilka lokalizacji, ale ostatecznie, 29 marca 1709 roku, architekt i projektant przyszłego kościoła Martin Frantz wybrał pole Izby Skarbowej, położone pod Brama Wojanowską. Wybór ten został ogłoszony mieszczanom 5 marca, a trzy dni później rozpoczęto budowę drewnianej świątyni (była gotowa na Zielone Świątki 1709 roku).
Na wschód od tego miejsca, 22 kwietnia dokonano pomiarów i 15 lipca rozpoczęto budowę nowej, dużej, murowanej świątyni, wzorowanej na planach kościoła św. Katarzyny w Sztokholmie. Dlatego, że kościół wznoszono na planie krzyża nazwano go Kościołem Świętego Krzyża Pańskiego (Chrystusowego). Wszystko finansowano z darowizn członków Konfraterni Kupieckiej. Pierwszy pastor przybył do Jeleniej Góry w 2 poł 1709 roku. Był nim Johann Neunhertz (1652 – 1737) i 15 września 1709 roku wygłosił w drewnianej świątyni tymczasowej kazanie inauguracyjne.
Kościół murowany wznoszono dziesięć lat. Dnia 9 maja 1718 roku był na tyle gotowy, że można było się do niego wprowadzić (od tego czasu minęło równo 300 lat). Obok kościoła, w latach 1709 – 1712, wzniesiono gimnazjum ewangelickie, a na otoczonym murem terenie wokół kościoła, od 1710 roku zaczął funkcjonować cmentarz. Pierwszy pochówek miał miejsce 16 stycznia, a do grobu złożono Anna Marię Köhler, żonę lekarza dr Georga Gottlieba Köhlera von Mohrenfelda.
Wszystko to cieszyło ewangelicką część mieszkańców miasta, którzy byli w większości, ale w radzie miasta nie mieli reprezentacji. Dopiero po zajęciu Śląska w 1741 roku, przez króla pruskiego Fryderyka II, mieszczanie wyznania ewangelickiego mogli zasiadać w Radzie Miasta, a od 1742 roku, zgodnie z nakazem królewskim stanowili w tej Radzie większość. Kościół był nowoczesny i duży, większy od katolickiej fary św. Erazma i Pankracego. W 1790 roku, aż siedmiu na ośmiu mieszkańców Jeleniej Góry było protestantami. Stan ten utrzymał się do 1947/1948 roku. Po wywiezieniu stąd Niemców i po napływie na ich miejsce Polaków wszystko zmieniło się diametralnie. Jelenia Góra stała się miastem katolickim, a kościół św. Krzyża został przejęty przez katolickich kapłanów, później pełnił funkcję kościoła garnizonowego.
Wiele osób piszących o początkach tej wspaniałej świątyni zapomina o roli jaką odegrał w jej powstaniu hrabia Johann Anton Schaffgotsch, katolicki namiestnik i kanclerz Księstwa Świdnicko – Jaworskiego, wykonawca postanowień ugody Altranstackiej, m.in. ogłosił ewangelikom łaskę cesarską, dzięki której mogli wznieść własną świątynię.
