Kapituła była czymś w rodzaju proboszcza i gospodarza katedry. To ona zazwyczaj spośród siebie wybierała biskupa. Na czele kapituły stało 7 prałatów (prepozyt, dziekan, archidiakon, kantor, scholastyk, kustosz, kanclerz) i 22 kanoników. Członkowie kapituły czerpali dochody z prebend, bowiem kapituła miała uposażenie, tj. wsie kapitulne, ziemie, zajazdy, piwiarnie, winiarnie, szynki, karczmy i młyny, które były dzierżawione osobom świeckim.
Członkostwo w kapitule było bardzo prestiżowe i trudno było się dostać do jej składu. Kandydat musiał mieć potwierdzone szlachectwo. Drogą do członkostwa były prowizje papieskie i biskupie, protekcje i pokrewieństwo, przy dużym udziale władzy świeckiej. Dlatego w ciągu wieków w skład kapituły katedralnej wchodziły osoby bardzo młode siedmio-, dziesięcio- czy dwunastoletnie wytypowane, np. przez dwory panujące. W składach kapituły były osoby pochodzące przede wszystkim ze Śląska, ale nie brakowało też Czechów, Austriaków, Włochów czy Francuzów.
Do kapituły katedralnej należały kanonie. Kapituła była swego rodzaju korporacją rządzącą na podstawie statutów, odbywała posiedzenia, na których ustalano ważne decyzje. Już w XV wieku określono strój kanoników i prałatów, aby odróżnić ich od innych członków kleru. Kapituła miała też wielkie znaczenie podczas wakansu lub niemożności sprawowania urzędu przez biskupa, wtedy kapituła przejmowała władzę i rządził wikariusz kapitulny. Najważniejszym było grono prałatów najbliższych współpracowników biskupa.
Na kapitułę katedralną największy wpływ miała Stolica Apostolska, ale była ona w różnych okresach mniej lub więcej zależna od władzy świeckiej, bowiem wydarzenia polityczne i gospodarcze miały wpływ na całą diecezję.
Historia Śląska była pełna zakrętów, zmian i tragicznych wydarzeń, co miało wpływ na funkcjonowanie biskupstwa wrocławskiego i kapituły katedralnej. Najważniejszymi były zmiany polityczne. Do 1740 roku kolejni biskupi zależni byli przez setki lat od dworu królewskiego w Pradze i dworu cesarskiego w Wiedniu.
Kiedy król Pruski Fryderyk II w 1741 roku zajął Śląsk, diecezja wrocławska i kapituła stanęły przed ogromnym problemem. Prusacy jako ewangelicy nie sprzyjali kościołowi katolickiemu, choć król oficjalnie tolerował każde wyznanie na podległych mu ziemiach. Cała diecezja została podzielona, ponieważ jej część obejmowała też obszary na terenie podległym Habsburgom.
Na tronie biskupim zasiadał wówczas kardynał Filip Ludwik Sinzendorf (1732 – 1747), lojalny wobec cesarza Habsburga. Fryderyk II, jawny wróg kościoła katolickiego i cesarstwa rozpoczął wprowadzanie swoich porządków na Śląsku, dotyczyło to także administracji tak świeckiej, jak i kościelnej. Wiele możnych rodów, których przedstawiciele pełnili wysokie stanowiska, straciło nie tylko swoje znaczenie, ale co gorsze, majątki. Do nich należeli także Schaffgotschowie.
Johann Anton Schaffgotsch z Cieplic, podskarbi cesarsko – królewski, tajny radca rzeczywisty, namiestnik i kanclerz Księstwa Świdnicko – Jaworskiego, dziedziczny sędzia ziemski Świdnicy, dyrektor Urzędu Zwierzchniego, kawaler Orderu Złotego Runa, hrabia cesarstwa nie uzyskał przychylności królewskiej i zmarł w 1742 roku.
W tym samym roku syn hrabiego, Filip Gotard Schaffgotsch, urodzony 3 lipca 1716 roku w Cieplicach, który w 1738 roku przyjął w Wiedniu święcenia kapłańskie, pojawił się na dworze królewskim w Berlinie. Od razu przypadł do gustu o cztery lata starszemu królowi, a być może Fryderyk II zobaczył w nim „narzędzie”, które, może wykorzystać do swoich celów przeciwko biskupowi kardynałowi Sinzendorfowi i kapitule katedralnej we Wrocławiu, celem dokonania zmian w całej diecezji.
Fryderyk II przejął uprawnienia cesarskie, co do wyboru biskupa z pominięciem wolnej elekcji należnej kapitule, uzurpując sobie prawo patronatu nad biskupstwem wrocławskim. Planem króla było oderwanie diecezji od Rzymu i powołanie centralnych władz kościelnych w Berlinie pod przewodnictwem biskupów wrocławskich. Kardynał Sinzendorf postawiony pod murem przystał na te plany, ale kiedy papież przekreślił te zamierzenia, król zmienił sposób działania. Postanowił wykorzystać swojego ulubieńca i protegowanego Filipa Gotarda Schaffgotscha, który sprawy kościoła traktował dość luźno, był nawet jawnie członkiem loży masońskiej. Fryderyk II w 1742 roku nadał mu najpierw kanonikat nominalny w kolegiacie w Halberstadt, a 24 lipca 1743 roku wymusił jego wybór na opata w klasztorze augustianów, na Piasku we Wrocławiu. Następnie, przy ogromnym sprzeciwie kapituły, 4 marca 1744 roku nominował go na koadiutora z prawem następstwa biskupa kardynała Sinzendorfa.
Kapituła protestowała, a król zagroził jej członkom więzieniem, uznając ten sprzeciw za zdradę państwa. Opornych kanoników pozbawił stanowisk kościelnych i beneficjów (dochodów), poczem wprowadził do kapituły Filipa Gotarda Schaffgotscha a także swoich faworytów i znajomych. Wszystkie te zmiany odbywały się przy poparciu zastraszonego biskupa.
Po wyborze Filipa Gotarda Schaffgotscha, Fryderyk II 15 czerwca 1744 roku cynicznie stwierdził: „Duch Święty i ja postanowiliśmy wspólnie wybrać prałata Schaffgotscha na koadiutora we Wrocławiu. Kanonicy, którzy będą się wzbraniać, będą uważani za zwolenników cesarskiego dworu w Wiedniu i szatana”. Na te słowa kapituła odwołała się do papieża Benedykta XIV, a ten zabronił konsekracji Schaffgotscha kardynałowi Sinzendorfowi i jego sufraganowi, i odwołał się do cesarza Karola VII, katolickich książąt i biskupów. Nic to nie dało, bowiem Maria Teresa w imieniu cesarza odpowiedziała po myśli króla pruskiego. W tej sytuacji papieżowi pozostało granie na czas.
Król do sprawy powrócił w 1746 roku, przy wsparciu króla polskiego Augusta III. Straszono papieża konsekwencjami jakie spadną na śląskich katolików, kiedy nie będzie zgody na wybór Schaffgotscha, który tymczasem zachorował. Fryderyk II w związku z tym chciał zmienić swoje plany personalne, ale Schaffgotsch wyzdrowiał i jak się później okazało całkowicie się zmienił.
W dniu 28 września 1747 roku zmarł biskup Sinzendorf, a Filip Gotard Schaffgotsch wystąpił do króla o biskupstwo wrocławskie. Kapituła tymczasem zwróciła się do króla z prośbą o zapewnienie jej prawa wolnej elekcji, tj. wyboru nowego biskupa. Fryderyk II nie przystał na to i zezwolił Schaffgotschowi korzystać z dochodów przysługujących biskupowi wrocławskiemu, natomiast czynności kościelne powierzył sufraganowi. Papieżowi przesłano 20000 talarów, aby zgodził się na te posunięcia wraz z wyjaśnieniami nuncjusza apostolskiego w Polsce, który przedstawił głowie kościoła katolickiego postać Filipa Gotarda Schaffgotscha, jako zupełnie zmienionego. Po tych działaniach, 5 marca 1748 roku, papież wyznaczył Schaffgotscha na biskupa wrocławskiego, a król potwierdził kapitule jej prawo, na przyszłość, do wolnej elekcji biskupa.
W ten sposób Filip Gotard Schaffgotsch został biskupem wrocławskim, księciem nyskim. Prawdopodobnie z czasem przekonał się on, że działania króla pruskiego przeciwko katolikom na Śląsku mogą doprowadzić do upadku kościoła, bowiem biskup i kapituła pod presją Fryderyka II, dla dobra kościoła na Śląsku zgodzili się na wszystko, nawet na nominacje kościelne.
Kiedy w 1756 roku wybuchła następna wojna o Śląsk między cesarstwem a królestwem pruskim (trwała do 1763 roku), a wojska austriackie zbliżyły się do Wrocławia, biskup Schaffgotsch kazał w katedrze wrocławskiej odśpiewać „Te Deum”, zdarł z siebie pruskie ordery i w ten sposób jawnie wystąpił przeciwko Fryderykowi II.
Gdy Austriacy zostali wyparci ze Śląska, biskup w 1757 roku wyjechał do austriackiej części diecezji wrocławskiej. Wraz z nim z Wrocławia wyjechał jego brat Czesław Gotard Schaffgotsch, który w latach 1750 – 1753 był kustoszem w kapitule. Biskup osiadł w Janowej Górze na zamku w Jaworniku i zarządzał tą częścią biskupstwa. Śląską częścią diecezji zarządzał wikariusz generalny Frankenberg, któremu biskup udzielił wszelkich pełnomocnictw. Król pruski je cofnął, a kapituła funkcję tę powierzyła Janowi Maurycemu Strachwitzowi. Fryderyk II w 1760 roku mianował go biskupem sufraganem, a papież w 1761 roku biskupem tytularnym. W 1766 roku papież mianował Strachwitza wikariuszem apostolskim dla pruskiej części diecezji wrocławskiej. Kiedy w 1786 roku zmarł Fryderyk II, biskup Schaffgotsch miał nadzieję powrotu do Wrocławia, ale następca króla Fryderyk Wilhelm II nie zgodził się na to i mianował mu koadiutora Józefa Christiana Hohenlohe – Waldenburg – Bartenstein, a tego wyboru „dokonała” kapituła. Nowy król rozważał też powołanie na to stanowisko biskupa warmińskiego Ignacego Krasickiego. Po śmierci Strachwitza stanowisko biskupa sufragana objął w 1781 roku Antoni Ferdynand Rothhirsch. Długi pobyt na wygnaniu biskupa Filipa Gotarda Schaffgotscha utrudniał zarządzanie całą diecezją, dlatego 12 listopada 1787 roku zebrała się kapituła celem wyboru koadiutora dla 71.letniego chorującego biskupa Schaffgotscha. Ustalono nowe artykuły, które miał zaakceptować nowy elekt na biskupa wrocławskiego.
Biskup Filip Gotard Schaffgotsch zmarł na banicji 5 stycznia 1795 roku. Król Fryderyk Wilhelm II nie wyraził zgody na pochowanie go w katedrze wrocławskiej lub w nyskiej bazylice. Ostatecznie biskup banita spoczął w kościele św. Jana Chrzciciela w Cieplicach, a nie jak inni biskupi - w katedrze św. Jana Chrzciciela we Wrocławiu. Jego śmierć pozwoliła powołać Józefa Christiana Hohenlohe – Waldenburg – Bartenstein na biskupa wrocławskiego, jeszcze w 1795 roku. Funkcję te pełnił do 1817 roku. To za jego czasów kolejny król pruski Fryderyk Wilhelm III dokonał sekularyzacji dóbr kościelnych na Śląsku. Kapituła straciła majątki a biskup przestał być księciem nyskim. Wtedy też pogłębił się kryzys życia religijnego. Sam biskup zmarł w Janowej Górze i został pochowany na cmentarzu w Jaworniku.
Filip Gotard Schaffgotsch i jego brat Czesław nie byli ostatnimi Schaffgotschami, którzy robili kościelną karierę we Wrocławiu. W latach 1795 – 1810 kanclerzem w kapitule wrocławskiej był Kajetan Gotard Schaffgotsch (1744 – 1813), wnuk Johanna Antona Schaffgotscha.
