Alan Pajer karierę rozpoczął w latach 60. (fotografią pasjonował się już w dzieciństwie; inspirował go dziadek, słynny kamerzysta Jan Roth). Pracował jako fotoreporter, współpracował również ze znanymi osobistościami słowackiej i czeskiej sceny muzycznej.
W 1968 roku jako fotoreporter dokumentował wydarzenia Operacji "Dunaj". W 1990 r. został osobistym fotografem Vaclava Havla (w Książnicy można obejrzeć wystawę "Obywatel Prezydent", prezentującą zdjęcia prezydenta Czech autorstwa Alana Pajera ). Obecnie zajmuje się fotografią użytkową, portretową oraz stara się także uchwycić na swych zdjęciach wciąż zmieniającą się Pragę.
Wielokrotnie nagradzany, zdobył m.in. nagrodę Word Press Photo, Czech Press Photo i Nagrodę Galerii Vincenta van Gogha za niekonwencjonalny portret artystów.
