Kościół ewangelicki zaczął przeżywać bujny rozwój. W niełasce znalazło się też wielu przedstawicieli możnych rodów, które w czasach cesarskich pełniły wiele funkcji państwowych i regionalnych. Wśród nich znalazł się Johann Anton Schaffgotsch, założyciel fideikomisu Chojnik i Gryf, w Cieplicach i Sobieszowie, podskarbi cesarsko-królewski, tajny radca rzeczywisty, namiestnik i kanclerz Księstwa Świdnicko-Jaworskiego, Kawaler Orderu Złotego Runa. Król Fryderyk II pozbawił go wszelkich tytułów i skonfiskował jego majątek. Dopiero jego potomkowie: Karol Gotard (zm. 1780) i Jan Nepomuk (zm.1808) stopniowo odzyskiwali utracone majątki i przychylność nowych władz.
Wszystko wracało do „normalności”. We wrześniu 1803 roku hrabia Jan Nepomuk Schaffgotsch wziął jeszcze udział w uroczystościach 400-lecia pobytu cystersów w Cieplicach. Spokój przerwała wojna z Napoleonem. W latach 1807-1808 wojska francuskie wkroczyły na Śląsk. Także do Kotliny Jeleniogórskiej.
Przegrany król pruski Fryderyk Wilhelm III, który jednocześnie był zafascynowany Napoleonem, przejmował wiele rewolucyjnych prądów płynących z Francji. To, jak i potrzeba spłacenia kontrybucji Napoleonowi, spowodowało, że 30 października 1810 roku wydał on edykt o kasacie majątków kościelnych (tylko kościoła katolickiego) na Śląsku. Na jego mocy zlikwidowano wiele zgromadzeń zakonnych i skonfiskowano ich majątki (od tego czasu, m.in. Lubiąż stał się opuszczonym obiektem). Zawieszono kapituły kolegiackie i odebrano im majątki, majątek straciła kapituła katedralna we Wrocławiu i sam biskup wrocławski (od tego momentu biskupi stracili tytuł książęcy, jaki mieli od XIV wieku na równi z innymi książętami Śląskimi).
Sekularyzacja dosięgła też klasztoru cysterskiego w Krzeszowie i jego prepozytury w Cieplicach. Cystersi w Cieplicach przebywali dokładnie 407 lat, 5 miesięcy i 9 dni.
Mnichów zwolniono z konieczności przebywania w klasztorze. W tym czasie w Cieplicach mieszkali: Ojciec Laurentius (Wawrzyniec) Klenner (przeor), O. Bernard Beyer, O. Roman Rother, O. Filip Wacha (administrator parafii w Sobieszowie i Podgórzynie) oraz O. Aleksy Wolf (administrator parafii w Wojcieszycach).Na mocy dekretu królewskiego wszyscy oni przestali być mnichami, cystersami, a stali się zwykłymi księżmi. Ks. Laurentius Klenner pozostał jako proboszcz św. Jana Chrzciciela, wikariuszami w tej światyni zostali ks. Bernard Beyer i ks. Roman Rother. Pozostali cystersi ciepliccy pozostali na parafiach którymi administrowali.
Cały majątek ruchomy klasztoru przeszedł na skarb państwa pruskiego. To, co było cenne dla urzędników zostało natychmiast spieniężone, a pozostałe przedmioty i wyposażenie, bez opieki mnichów było dowolnie rozdawane i przejmowane. Bogata biblioteka klasztorna w Cieplicach została rozszabrowana i rozdzielona. Część dokumentów i książek trafiła do Wrocławia, o co zabiegał biskup Józef Christian Hohenlohe-Waldenburg-Bartenstein (1795-1817), a część przewieziono do budynku administracyjnego (pałacu) majątku Schaffgotschów w Sobieszowie, gdzie już funkcjonowała Biblioteka Majoracka (od 1733 roku). Sposób przewiezienia tych dokumentów i księgozbioru nie był najlepszy. Wszystkie te obiekty złożono chaotycznie i bez próby ich uporządkowania. Stało się tak, bo czas naglił i trzeba było ratować, bo się mogły skończyć w ogniu.
W lipcu 1812 roku, na wycieczce z rodziną w Kotlinie Jeleniogórskiej przebywał Joseph Mendelssohn. Zamieszkał w Cieplicach u aptekarza Thomasa. Skuszony sławą Biblioteki Majorackiej w Sobieszowie udał się tam, aby ją zobaczyć. „Chcieliśmy zwiedzić bibliotekę, o której czytaliśmy w naszych książkach. Jednak w pałacu nie znaleźliśmy nikogo, kto potrafiłby zrozumieć słowo „biblioteka”. Również słowo „książnica” nie posunęło nas ani o krok. Nasz gospodarz powiedział nam po powrocie, że nasz trud był próżny; trzeba było zapytać mnichów ( chodzi o byłych cystersów Klennera, Beyera, Rotha i Wacha), dokumenty i rękopisy porzucone są na pastwę zniszczeń i robactwa – takie niedbalstwo winno być moim zdaniem karalne i jest zbrodnią…”
Z tego wynika, że do obiektu administracyjnego Schaffgotschów w Sobieszowie mógł wejść właściwie każdy i nie było w nim nikogo z urzędników, a Mendelssohn trafił na prostych chłopów nie znających wartości złożonych tam zbiorów.
Najwidoczniej hrabia Leopold Schaffgotsch miał inne problemy, którymi musiał się zajmować (nadal trwała wojna z Napoleonem). Z skrótów Mendelssohna wynika, że tylko byli mnisi cystersi, którzy jeszcze funkcjonowali w cieplickiej parafii mogli znać wartość i zawartość wszystkich „papierów”, które przewieziono z klasztory do Sobieszowa. Uporządkowanie zbiorów, już po wojnie w 1815 roku Leopold Gotard Schaffgotsch zlecił baronowi Carlowi von Stillfriedowi. To zadanie zostało wykonane do 1824 roku. Po czym Biblioteką zajmował się dr Kutzen z Wrocławia (przyjeżdżał od czasu do czasu do Sobieszowa). W końcu, po remontach i adaptacji w klasztorze pocysterskim,
Bibliotekę Majoracką Schaffgotschów w 1833 roku przewieziono do Cieplic i udostępniono ją rok później (1 lipca 1834 roku). Przetrwała tam ponad 100 lat, ale po II wojnie światowej została podzielona i przejęta przez wiele instytucji w Polsce (archiwa i biblioteki). Część książek z biblioteki cystersów może dzisiaj znajdować się, m.in. w Bibliotece Uniwersyteckiej Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, a część w Kurii Biskupiej we Wrocławiu.
