W 1737 roku, hrabia do zapisów fideikomisu chojnickiego dodał jeszcze komentarze i uwagi, wg których do niepodzielnego majątku rodowego należała także bogata biblioteka i zbiory. W ten sposób je zabezpieczył tworząc tym samym Bibliotekę Majoracką, a jednocześnie podstawę jeleniogórskiego muzealnictwa. Biblioteka i zbiory zgromadzone były w budynku administracyjnym zarządu majątku, w Sobieszowie.
W 1742 roku, Schaffgotschowie utracili majątek, w wyniku zajęcia Śląska przez króla Fryderyka II Pruskiego. Pamiętać bowiem należy, że przedstawiciele tego rodu pełnili ważne funkcje w cesarstwie Habsburgów.W latach 1742 – 1762, Biblioteka bardzo podupadła, a część zbiorów uległo naturalnej destrukcji. Dopiero w 1763 roku, hrabia Karol Gotard Schaffgotsch, syn Johanna Antona Schaffgotscha, za zgodą króla pruskiego odzyskał majątek rodowy i zajął się zaniedbaną biblioteką i zbiorami. Jego syn, Johann Nepomuk Gotard Schaffgotsch, kontynuował dzieło ojca, ale głównie zajęty był budową nowego pałacu w Cieplicach (w latach 1784 – 1788), bowiem stary, renesansowy spłonął w 1777 roku.
W latach 1806 – 1807 wojska napoleońskie zajęły Śląsk. Pod wpływem różnych, "nowoczesnych prądów" płynących z Zachodu oraz konieczności zapłaty ogromnej kontrybucji na rzecz Napoleona, król pruski, Fryderyk Wilhelm III, 30 października 1810 roku wydał edykt o konfiskacie majątków kościelnych na Śląsku, w tym klasztornych. Już 24 listopada 1810 roku zlikwidowano klasztor w Krzeszowie, a tym samym jego prepozyturę w Cieplicach. Opustoszały i ogołocony, pusty budynek po cystersach w Uzdrowisku 28 września 1812 roku kupił hrabia Leopold Gotard Schaffgotsch za 60.952 talary, dzieląc go na dwie części, jedną oddał parafii katolickiej, a drugą wziął na własne cele.
Swoją część wyremontował w latach 1816 – 1833. Prawdopodobnie wcześniej udało mu się przejąć część księgozbioru po cystersach. W czasie remontu zakupił dodatkowo cały księgozbiór od księgarza D. Siegerta z Legnicy w 1819 roku. W ten sposób hrabia szykował się do przeniesienia biblioteki z Sobieszowa do nowego obiektu w Cieplicach. Od 1824 roku do porządkowania księgozbioru zatrudnił dra Kutzena z Wrocławia. W klasztorze przygotowywano wnętrza montując, m.in. regały i szafy.
W 1833 roku przenoszono zbiory, przede wszystkim księgozbiór. W tym czasie liczył on łącznie 27 534 woluminów, w tym: 1275 Silesiaków (dzieł na temat Śląska lub wydanych na Śląsku), 2289 dzieł z dziedziny prawa, 5583 z teologii, 772 z filozofii, 286 z medycyny i 15 129 innych ksiąg, m.in. sporo poloników (dzieła po polsku lub dotyczących Polski).
W dniu 1 lipca 1834 roku bibliotekę i zbiory udostępniono społeczeństwu w obiekcie poklasztornym, w tych samych wnętrzach, w których dzisiaj funkcjonuje Muzeum Przyrodnicze w Jeleniej Górze, będące cieniem dawnych zbiorów, z tą różnicą, że wejście do niej znajdowało się od strony dziedzińca przy Długim Domu. Od tego czasu minęło właśnie185 lat.
